Tras el segundo impacto, todo lo que queda de Japón es la ciudad de Tokio 3, constantemente atacada por criaturas gigantes cuyo fin es la erradicación de la humanidad, llamadas Ángeles. Shinji Ikari, tras más de ocho años sin ver a su padre, recibe una llamada de teléfono de este, en la que le insta a acudir con urgencia al cuartel general de NERV, una organización que destruye a los Ángeles utilizando unos mechas que se conocen como EVAs. El objetivo de Shinji es aprender a pilotar el EVA-01, y formar así un equipo en el combate con la enigmática Rei Ayanami, piloto del EVA-00